Baggrund og historie 

IND har sin rod i Center for Naturfagenes Didaktik ved KU som blev oprettet af Det naturvidenskabelige Fakultetsråd i 2000 med det dobbelte formål at styrke og udvikle fakultetets undervisningsindsats og etablere en vidensbase om didaktiske og studiesociologiske forhold ved fakultetets undervisning og til dels også andre niveauer, især gymnasiet.

Kjeld Bagger Laursen blev udnævnt til centerleder, og forskningsbaseringen betød at der primært satsedes på VIP-ansættelser, men først i løbet af 2003 lykkedes det at ansætte fast akademisk personale. I 2006 var der således ud over Kjeld (½ tid tilknyttet CND) ansat 5 VIP og en ½-tids sekretær.

I 2007 blev Det naturvidenskabelige Fakultet grundlæggende omstruktureret, bl.a. ved indfusionering af Den Kongelige Veterinær- og Landbohøjskole som et fakultet, og i den forbindelse ansøgte den daværende dekan, Niels O. Andersen, rektor om at opgradere centret til et institut. Dette blev godkendt og Jens Dolin blev ansat som institutleder fra den 1. februar 2007. Statussen som institut betød at det fik en plads i fakultetsledelsen og en central indflydelse på uddannelse og undervisning på KU. Det sidste bl.a. gennem en omfattende involvering i KUs universitetspædagogiske indsatser.

Opdraget var at udvikle naturfagsdidaktikken i hele uddannelsessystemet, men med særlig vægt på det tertiære niveau, og at blive en afgørende dansk aktør og opnå international status. Budgettet var uforandret på 3,2 mio. kr., så al vækst måtte finansieres ved egne midler.

2011 havde IND 25 medarbejdere og et budget på ca. 15 mio. kr. (hvoraf de 9 mio. var eksterne midler). IND havde nu opbygget en solid undervisningsportefølje og etableret sig såvel nationalt som internationalt som en stærk og internationalt anerkendt forskningsinstitution og var rammen om utallige projekter, såvel udviklings- som forskningsprojekter, og med en meget bred vifte af samarbejdspartnere.

Denne udvikling fortsatte og i 2015 var der 35 medarbejdere og et budget på 19 mio. kr.

1. maj 2015 blev Hanne Andersen ansat som ny institutleder, hvilket betød et øget fokus på videnskabsteori og –historie.

1. februar 2021 blev Jan Alexis Nielsen ansat som institutleder.